متن پیام حضرت آیت الله خامنه ای در رحلت آیت الله مشکینی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انالله و انا الیه راجعون
رحلت فقیه مجاهد و پارسا حضرت آیت الله آقای حاج میرزا علی مشکینی اعلی الله مقامه موجب تأسف و تأثر شدید اینجانب گردید. این روحانی عالیقدر از جمله شخصیت های نادری بود که در سراسر عمر با برکت و در مراحل گوناگون زندگی نورانی خویش منشأ برکات فراوان برای حوزه علمیه و مردم مؤمن و اسوه ی اخلاقی و عملی برای شاگردان و ارادتمندان خود بود.
در دوران طاغوت جزو پیشگامان نهضت اسلامی و در دوران جمهوری اسلامی در شمار مجاهدان واقعی و معلم اخلاص و پرهیزگاری و پارسائی محسوب می گشت. رفتار و عمل او بیش از بیان شیرین و رسایش، دعوت کننده به ایمان و پارسائی و حق طلبی و حقگوئی بود. جایگاه رفیع او در نظام جمهوری اسلامی و ریاست مجلس خبرگان رهبری از آغاز تشکیل این مجلس که نشانه حرمت و مکانت او در چشم نخبگان و علمای بزرگ و اساتید مبرّز روحانی کشور است، هرگز نتوانست در تواضع و فروتنی او یا در زندگی زاهدانه و دامن پاک او کمترین خدشه ئی وارد آورد. او جامع علم و عمل، جهاد و زهد و تشخیص و سلوک صائب و مستقیم و بدون انحراف بود. فقدان این عالم ربانی و این روحانی جلیل القدر، ضایعه ئی بزرگ است. از خداوند متعال علوّ درجات و مغفرت و رحمت واسعه اش را برای روح مطهر ایشان مسألت می کنم و به ملت ایران و حوزه های علمیه و مراجع عظام و علمای اعلام بویژه به خاندان مکرم و بازماندگان محترم و همه ی ارادتمندان و شاگردان ایشان تسلیت عرض میکنم.
والسلام علیه و رحمه الله و برکاته